As comissões assessoras vigentes no HSU objetivam garantir, de forma progressiva e planejada, a melhoria da qualidade da atenção à saúde no âmbito institucional.
Essas comissões e comitês, de caráter permanente, são compostas por profissionais multidisciplinares. Destaca-se que, as comissões assessoras do HSU, dispõem do apoio da Universidade Federal do Pampa, com professores, expertises em áreas específicas, em sua composição, reforçando a integração ensino e serviço.
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· Comissão de Ética Médica· Comissão de Ética de Enfermagem· Comissão de Controle de Infecção Hospitalar· Comissão de Óbitos· Comissão Multiprofissional de Terapia Nutricional· Comissão de Farmácia e Terapêutica· Comissão de Proteção Radiológica· Comissão de Transplantes e Captação de Órgãos· Comissão de Documentação Médica e Estatística· Comissão de Revisão de Prontuários· Comissão de Mortalidade Materna e de Mortalidade Neonatal· Comissão Interna de Prevenção de Acidentes