As comissões assessoras vigentes no HSU objetivam garantir, de forma progressiva e planejada, a melhoria da qualidade da atenção à saúde no âmbito institucional.
Essas comissões e comitês, de caráter permanente, são compostas por profissionais multidisciplinares. Destaca-se que, as comissões assessoras do HSU, dispõem do apoio da Universidade Federal do Pampa, com professores, expertises em áreas específicas, em sua composição, reforçando a integração ensino e serviço.
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· Comissão de Ética Médica
· Comissão de Ética de Enfermagem
· Comissão de Controle de Infecção Hospitalar
· Comissão de Óbitos
· Comissão Multiprofissional de Terapia Nutricional
· Comissão de Farmácia e Terapêutica
· Comissão de Proteção Radiológica
· Comissão de Transplantes e Captação de Órgãos
· Comissão de Documentação Médica e Estatística
· Comissão de Revisão de Prontuários
· Comissão de Mortalidade Materna e de Mortalidade Neonatal
· Comissão Interna de Prevenção de Acidentes